本書には日本列島、琉球列島周辺の太平洋、日本海、東シナ海、オホーツク海、天皇海山の沿岸から外洋、浅海から深海までの海産魚類、河川や湖沼の淡水魚類、河口や汽水湖の汽水性魚類について、1992年6月までに公表された既知種のすべてと、それ以後1993年5月までに公表された新種あるいは日本初記録種のうち収録が可能だったもの、さらに執筆者が研究中で、未同定ながら和名を付して予報的に公表したものを含めて、合計334科3639種類が収録されている。この中には、複数の亜種や変異型で構成されている種があり、種としては3608種である。
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